אם יש רק כהן אחד והוא לובש מכנסיים קצרים עדיין מעלים אותו לעלייה של כהן או שמעלים ישראל?

אפשר להעלותו לתורה.

אין איסור להעלות אדם עם מכנס קצר. בד'כ הנוהל הקובע הוא הנורמה המקובלת באותו ציבור.