לפעמים קורה לי שאני מברך על התפילין רק אחרי שהידקתי זה בסדר?

זה בסדר.

תפילין וציצית הן מצוות די חריגות כי הן מצוות מתמשכות , ולכן בדיעבד אפשר לברך גם אחרי הפעולה הראשונה