שמעתי על חווה שמאכילה את הפרות שלה בשוקולד כדי שהם יהיו יותר שמנות וטעימות האם מותר לאכול את הבשר של הפרות למרות שהם כל החיים אכלו רק מאכל חלבי והם בשריות

אין שום בעיה. לאחר שהחלב מתעכל במעיה הוא כבר לא מוגדר חלבי.

דרך אגב, גם הכחל (העטין, דד) של הבהמה מותר באכילה לאחר שמכשירים אותו, למרות ששם לכאורה היתה ממש תערובת של בשר וחלב.