מותר לחשוב בשירותים על הרהור תשובה, מחשבות קדושה, מידות, עבודת ה'?

כן, מותר להרהר בחשבון נפש והרהורי תשובה, אבל בלי 'להיגרר' למחשבה על פסוקים / הלכות ספציפיות וכדומה.

ההרהור הוא על עצמך ולא על התורה.