האם יש בעיה מתי שמתפללים מנחה בכיתה ויש מורה (נקבה) בכיתה?

אם זה מסיח את דעתך אז כן.

בדרך כלל מורה נמצאת שם כדי שהתפילה תתחיל כמו שצריך